Kanzlerin Angela Merkel (CDU) hat der CSU mit ihrer Richtlinienkompetenz als Regierungschefin gedroht. Dies sei dann der Fall, wenn Zurückweisungen von Flüchtlingen an der Grenze ohne Abstimmungen mit EU-Partnern in Kraft gesetzt würden und "zu Lasten Dritter" gingen, wie Merkel in Berlin deutlich machte. Wenn eine solche Maßnahme in Kraft gesetzt würde, wäre das eine Frage ihrer Richtlinienkompetenz, sagte Merkel mit Blick auf Seehofer.
Für diese Fälle soll es, so Seehofer in München, Anfang Juli nach dem EU-Gipfel eine zwischen CDU und CSU abgestimmte Lösung geben. Der Minister betonte allerdings, dass er bis dahin, sollten auf europäischer oder bilateraler Ebene keine Lösungen gefunden werden, so weit vorbereitet sein will, dass Grenzkontrollen und Zurückweisungen sofort aufgenommen werden können sollen. Dabei soll die bayerische Grenzpolizei die Befugnis erhalten, die Bundespolizei gemäß den Regeln der Bundespolizei zu unterstützen.